در سال 698 هـ ق، به تدریج آثار انحراف در وى ظاهر شد، خصوصاً به هنگام تفسیر آیه شریفه (الرَّحْمَـنُ عَلَى الْعَرْشِ اسْتَوَى )

براى خداوند تبارک وتعالى جایگاهى در فراز آسمانها که بر تخت سلطنت تکیه زده است، تعیین کرد

 (( او در کتاب العقیدة الحمویّة: 429 مى گوید: إنّ اللّه تعالى فوق کلّ شیء وعلى کلّ شیء وأنّه فوق العرش وأنّه فوق السماء ...  )).
انتشار افکار «ابن تیمیّه» در دمشق و اطراف آن غوغایى به پا کرد، گروهى از فقهاء علیه او قیام کرده و از جلال الدین حنفى قاضى وقت محاکمه وى را خواستار شدند، ولى وى از حضور در دادگاه امتناع ورزید تا اینکه هشتم رجب سال 705 هـ ق، قضات شهر همراه با وى در قصر نائب السلطنه حاضر شدند، و کتاب «الواسطیّة» وى قرائت شد، پس از دو جلسه مناظره با «کمال الدین زملکانى» و اثبات انحراف فکرى و عقیدتى «ابن تیمیّه» او را به مصر تبعید کردند.

در آنجا نیز بخاطر نشر اندیشه هاى انحرافی توسّط «ابن محلوف مالکى» قاضى وقت به زندان محکوم گشت، و سپس در 23 ربیع الأوّل سال 707 هـ ق، از زندان آزاد شد، ولى بخاطر پافشارى بر نشر عقاید باطلش، قاضى «بدر الدین» وى را محاکمه کرد و احساس نمود که وى در قضیّه توسل به پیامبر گرامى(صلى الله علیه وآله وسلم) ادب را نسبت به حضرت رعایت نمى کند، بنابر این او را روانه زندان کرد

عاقبت در سال 708 هـ ق، از زندان آزاد شد، ولى فعّالیّت مجدّد وى باعث شد که آخر ماه صفر سال 709 هـ ق، به اسکندریّه مصر تبعید شود، و پس از هشت ماه به قاهره بازگردد.

ابن کثیر مى نویسد: 22 رجب سال 720 هـ ق، ابن تیمیه به دار السعاده احضار شد، و قضات و مفتیان مذاهب اسلامى (حنفى، مالکى، شافعى و حنبلى) او را به خاطر فتاواى خلاف مذاهب اسلامى  مذمّت و به زندان محکوم کردند، تا اینکه در دوّم محرّم سال 721 هـ ق، از زندان آزاد گردید

ابن حجر عسقلانى مى نویسد: ابن تیمیه را جهت محاکمه نزد قاضى مالکى بردند ولى در برابر پرسشهاى قاضى، پاسخ نداد و گفت: این قاضى با من عداوت دارد و هرچه قاضى اصرا ورزید، ولى ابن تیمیه از هرگونه پاسخ استنکاف کرد، آنگاه قاضى دستور داد وى را در قلعه اى حبس کردند.

وقتى به قاضى خبر رسید که برخى از افراد نزد ابن تیمیه، رفت و آمد مى کنند، گفت: اگر به خاطر کفرى که از وى ثابت شده، کشته نشود، باید نسبت به وى سخت گیرى شود، آنگاه دستور داد وى را به زندان انفرادى انتقال دادند.

پس از آن که قاضى به شهر خویش برگشت در دمشق اعلان عمومى کردند: «من اعتقد عقیدة ابن تیمیّة حلّ دمه وماله، خصوصاً الحنابلة». هر کس عقاید «ابن تیمیّه» را داشته باشد ـ بویژه حنبلى ها ـ خون و مالش حلال است:

و این اعلامیه توسط یکى از علماى بزرگ اهل سنت، شهاب محمود در مسجد جامع دمشق قرائت شد، که به دنبال آن حنبلى ها و افراد دیگرى که در معرض اتهام بودند، جمع شدند و اعلام کردند که ما به مذهب و عقیده امام شافعى هستیم.